Bir profesör, antik Japon şeytanları Gökgürültüsü ve Şimşek’in dünyamıza geri dönmesine neden olur. Gökgürültüsü ve Şimşek’in amacı, dünyayı ele geçirmek ve diğer kötülüklerin de serbest kalmasını sağlamaktır.

Paranormal Araştırmalar ve Savunma Bürosu, Hellboy’u olayı araştırmakla görevlendirir. Ancak lanetli bir samuray kılıcı Hellboy’un (Ron Perlman), hayaletlerin ve canavarların var olduğu başka bir evrene gitmesine neden olur. Liz Sherman ve Abe Sapien, Hellboy’yu geri getimek zorundadır.